Shotokan karate on välja arenendatud Gichin Funakoshi (1868 - 1957) ja tema poja Gigo (Yoshitaka) Funakoshi (1906 - 1945) poolt. Gichin oli Okinawa üks võitluskunstide meistritest (koos Kenwa Mabuni ja Cho-ki Motobu'ga) kes tõi karate Okinawalt Jaapanisse aastatel 1910 - 1920. Funakoshi on laialt tuntud ka kui karate populariseerija läbi erinevate demonstratsioonide ja ala populariseerimise ülikoolide karateklubides, sh. sellises nagu Keio, Waseda, Hitotsubashi (Shodai), Takushoku, Chuo, Gakushuin ja Hosei. Funakoshil oli palju õpilasi nii ülikoolide spordiklubides kui väljaspool seda, kes jätkasid karate õpetamist ka pärast Funakoshi surma 1957 aastal. Sisemiste ebakõlade tõttu tekkisid mitmed erinevad karated õpetavad organisatsioonid, seal hulgas Jaapani Karte Föderatsioon (juhitud Masatoshi Nakayama poolt) ja Shotokai (juhitud Shigeru Egami poolt). Tänapäeval pole olemas ühtset "Shotokani kooli" ehkki teised tekkinud koolid omavad Funakoshi mõjutusi.